Первое кардинальное отличие Factions от Prophecies заключается в линейности основного сюжета. Если в Prophecies сплошь и рядом игроки после седьмой миссии (Gates of Kryta) бегут делать 14-ю (Sanctum Kay), чтобы поскорее попасть в пустыню, то в Factions primary квесты и миссии выполняются строго последовательно. Хотя, конечно, переделывать уже сделанные миссии по-прежнему можно, и в любом порядке.
Очевидно, эта линейность сделана для того, чтобы исключить практику раннерства.

Второе отличие состоит в том, что система квестов и развития персонажа в Factions спроектирована с учётом "модульности", т.е. выхода аналогичных дополнений. Поясняю свою мысль.
В Factions есть "обучающий остров". Только на этом острове за квесты даются скиллы и очки атрибутов. После окончания этого "обучения" персонаж попадает на "основную землю", получив все скиллы, которые можно получить бесплатно в этой кампании, а также имея максимальное количество очков атрибутов (конечно, если максимальный уровень уже достигнут). Все квесты и миссии "основной земли" доступны как персонажам кампании Factions, так и персонажам всех остальных кампаний (если они активированы в данном эккаунте), при этом вознаграждение идентично; квесты "обучающего острова" недоступны персонажам других кампаний; за миссии "обучающего острова" персонажам других кампаний вознаграждение не выдаётся.
В Prophecies система гораздо менее чёткая. Получение скиллов за квесты растянуто почти на всю кампанию; квесты на очки атрибутов выдаются уже ближе к концу. Персонажи других компаний попадают в самую середину кампании Prophecies, из-за чего вознаграждение за квесты для них зачастую отличается; доступность квестов также зависит от каждого конкретного квеста.

Третье (и самое важное для игрока) отличие состоит в скорости и характере прокачки персонажа. В Factions за квесты даётся гораздо меньше скиллов, чем в Prophecies. Например, чистый Factions-монах получает "безвозмездно" только 12 монашеских скиллов, а если ему доступны и Prophecies, то попав в Тирию, он может получить ещё 8 скиллов за квесты. В то же время чистых Prophecies-монах получает к концу обучения 42 монашеских скилла (и ещё 2 хваталки). Поскольку в результате Factions-персонаж вынужден гораздо больше скиллов покупать у учителей (за скилл-пойнты и деньги), это различие в количестве квестов компенсируется скоростью получения опыта и денег. Нормальный Factions-персонаж получает 20-й уровень через 2–3 миссии. Нормальному Prophecies-персонажу нужно для этого сделать 12–15 миссий. Кроме того, в Prophecies за квесты и миссии можно получить всего 25 скилл-пойнтов, а в Factions – около 50, что означает дополнительные 25 скиллов. С деньгами у Factions-персонажа также с самого начала нет никаких проблем, а максимальная броня доступна сразу после прибытия на материк, т.е. после второй миссии (а не после 19-ой). Но если на эккаунте активированы обе кампании, то оптимальным выбором для коллекционера скиллов будет создать Prophecies-персонажа, а дойдя им до Lion's Arch (примерно на 15-м или 16-м уровне) взять квест и отправиться в Канту, где можно очень быстро получить 20-ый уровень и несколько элитных скиллов. После этого миссии в Тирии до самой Droknars' Forge можно делать в своё удовольствие. Собственно, мой монах именно так и поступил.

Четвёртое отличие состоит в том, что если в Prophecies функциональность одежды однозначно определяла её внешний вид, то в Factions эти параметры не скоррелированы. То есть без проблем можно собрать разные части одежды одинакового фасона, но с разными бонусами, и внешний вид персонажа при этом не пострадает. Кроме того, необходимые для крафтинга материалы в Factions определяются не бонусом, а именно фасоном. Поэтому игрок, не обращающий большого внимания на внешний вид, может без ущерба для функциональности подбирать одежду по принципу дешевизны "ингредиентов".

Пятое отличие состоит в том, что если миссия Prophecies состоит из миссии и бонуса, то в миссии Factions есть только одно задание, но три уровня его выполнения – в зависимости от потраченного времени. И каждый новый уровень обеспечивает дополнительное вознаграждение, в т.ч. скилл-пойнтом. Это отличие приближает геймплей PvE Factions к PvP.

Некоторые специфические черты Factions вроде двух фракций, alliance battles и новых типов миссий я рассматривать не буду, поскольку в Prophecies этого просто нет.