Коммандо был только в первой части C&C (ко второй он уже состарился до уровня солид снейка) то есть действие в девяностых годах.
Коммандо воюет на стороне гди против нодов.
Главный враг - секретная организация нодов под названием "Чёрная рука". На неё всем настолько наплевать, что туда даже Кейна не подвезли (ну, ладно, совсем-совсем мельком он появляется).
В остальном сюжетно там предельно уныло. Чёрная рука похищает учёных, которые занимаются исследованиями по созданию суперсолдат при помощи тибериумных инъекций. Главгерой их возвращает и попутно уничтожает глав чёрной руки. Всё.