Включи отображение каналов (Окно -> Каналы), затем создай еще один и назови его "альфа1", далее делаешь видимым только его и редактируешь, все что на нем черное будет прозрачным, а белое наоборот - непрозрачным, серы цвета это полу прозрачности. После того как отредактировал этот канал включи все остальные и отключи "альфа". далее сохрани изображение в формате BMP. когда вывалится менюшка с параметрами BMP выбери "32 бит" и нажми дополнительные режимы, а там выбери "A8 R8 G8 B8". Нажми "Да" и радуйся BMP с прозрачностью.