(Достаточно сложно увязать в единую хронологию мангу, мувики и сериалы, к примеру мувик GiTS2: Innocenсe рассказывает точно о тех же событиях, что и первый том манги, но при этом утверждает, что события идут в 2032 году, а не в 2029, как манга. Так что я тут несколько вынужден впихивать невпихуемое.)

2019
Начинается массовая кибернетизация населения в мире.

2020
Третья мировая война.
По результатам США становятся Американской Империей

2015-2026 - Ghost in the Shell: Arise ~Sleepless Eye~
Четвёртая мировая война (ака - Вторая Корейская Война).
Воевали страны третьего мира, поэтому война такая долгая была. Проиграли все. Больше всех - Китай.
Япония наводняется беженцами из Китая.

Между прочим - Токио целиком уничтожено ядерными бомбами.

В это время знакомятся Мотоко и Бато (они оба воюют за разные стороны в мелких гражданских войнах).

2027 - Ghost in the Shell: Arise
Мотоко переходит на работу в Японию спецназовцем в контртеррористический отдел, однако там её используют как расходный материал в местных политических играх, так что Мотоко начинает сотрудничать с Девятым Отделом (нацбезопасности), создавая отдельный спецотряд, который в теории может помогать разным организациям, но на практике работает только с Девятым Отделом. (До этого девятый отдел пользовался услугам обычного спецназа, что часто оборачивалось плохо, т.к. у спецназа были свои командующие, тоже лезущие во власть, коррупционные и короче сами те ещё засранцы.)
При этом сама Мотоко то работает с отрядом, то нет.

2029 - Ghost in the Shell (manga) v1, Ghost in the Shell (мувик), Ghost in the Shell 2: Innocence (мувик)
Мотоко (которая очень крутой хакер и спецназовец) и остальной отряд независимо работают на премьер-министра Японии.
При этом глава отряда - шеф Арамаки - добивается того, чтобы отряд действовал во благо всей страны.

Через несколько лет спецотряд Мотоко и Девятый Отдел наконец-то официально объединяются в единую организацию. Отряд характерен тем, что напрямую не подчиняется ни армии, ни политикам, и благодаря этому может расправляться не только с внешними проблемами, но и с внутренними, например, с коррупцией.

Отдел в основном работает против террористов (для всех остальных случаев он действует слишком грубо), однако за год работы успевает порядочно насолить министерствам, и политики подставляют Мотоко (которая старший полевой офицер в команде), так что она вынуждена симулировать смерть.

При этом к Мотоко обращается программа "Кукловод", которую изначально создало правительство для обделывания всяких тёмных дел, однако в результате программа приобрела собственный разум и добилась убийства своих создателей. Кукловод считает себя новой электронной формой жизни и делает в башке Мотоко свою резервную копию, так что она становится какбе сверх существом.
В результате Мотоко\Кукловод разделяет своё сознание, и получает несколько личностей, часть из которых живут в сети, част работают на корпорации, часть становятся наёмниками, и две остаются в Девятом отделе (одна всё так же как полевой офицер, и другая - особо засекречено на личной службе Арамаки). При этом часть её личностей даже не знают друг про друга.

2030 - Stand Alone Complex season 1
Отдел оказывается на пересечении интересов одного из самых влиятельных политиков Японии - генерального секретаря правящей коалиции - и гражданской организации "Смеющийся человек". Организация состоит из множества хакеров, которые выдают себя за другого хакера по типу V for Vendetta (впечатлившись его делами и выступая в первую очередь против коррупции и лобби), при том, что правительство ранее само пыталось использовать символику этого хакера для уничтожения конкурентов.

Девятый отдел с одной стороны не позволяет нормально действовать хакерам-террористам, а с другой расследует махинации правящей коалиции, так что попадает под удары и тех и других.

В результате генеральный секретарь обвиняет отряд в государственном перевороте и натравливает на оперативников армию. Воевать против армии отряд не способен, поэтому он официально закрывается и открывается снова, но уже неофициально.
Таким образом в своих дальнейших операциях отряд уходит из-под удара политиков.
А генсека додалбывают уже в суде, после чего его добивают свои.

2031-2032 - Stand Alone Complex season 2
Новый премьер-министр Японии хочет снова сделать девятый отдел официальной организацией. Отличие в том, что она (премьер) лично знакома с Арамаки (шефом отдела) и доверяет ему.

Проблема в том, что премьер сама в достаточно шатком положении и вынуждена бороться за власть.
В первую очередь - для неё важно разобраться с возросшей преступностью среди беженцев из Китая. И именно на это дело она направляет Девятый Отдел.

Скоро оказывается, что беженцами рулят и поддерживают силовики, пытающиеся свалить премьера. В конце концов им удаётся добиться введения в стране военного положения и под этим предлогом отстранить премьера от власти.
Однако Девятому Отделу удаётся сохранить положение в рамках и вернуть обычное состояние страны.

Майор Мотоко Кусанаги уходит из Девятого Отдела в неизвестном направлении (слишком любит свободу, чтобы работать на правительство, я полагаю). Она работает свободным наёмником и называет себя "Мотоко Арамаки". При этом одна из её личностей (Хрома) под большим секретом продолжает работать на шефа Арамаки.

2034 - Stand Alone Complex: Solid State Society
(в это же время Ghost in the Shell 1.5: Human-Error Processor)
Отряд воюет с системой здравоохранения Японии, которая есть компьютерная программа и нашла способ принудительно нести людям добро - выкрадывая детей из неблагополучных семей и заселяя их в благополучные (естественно переписывая память всем участвующим).

2035 - Ghost In The Shell Volume 2: Man-Machine Interface
Разные личности Мотоко\Кукловода воюют между собой. Она какбы эволюционирует в нечто значительно более крутое (хотя, казалось бы, куда круче). В результате все её личности снова объединяются в одну (в Хрому).