Итак, прошла война машин с людьми.
Люди слили, машины сделали из всех батарейки

Далее машины сделали матрицу, которая есть f2p ММO. Не совсем понятна цель её существования (донат, лол), но предположим, что выработка энергии у людей получается больше, когда они чувствуют себя счастливыми, так что машины пытаются дать иллюзию щастья таким образом.

Матрицей управляла программа «Архитектор», которая занималась балансированием системы, чтобы там ничего не разваливалось.
Архитектор особо не лез в саму матрицу, оперируя в центральной базе данных системы, известной как Источник.

Изначально архитектор пытался создать идеально сбалансированную среду, где люди бы ни в чём не нуждались, однако людям такая игра не понравилась, и короче непонятно, что там произошло, но по словам Архитектора: «всех пришлось отключить и убить».

Тогда была создана вторая управляющая система, целью которой была разбалансировка матрицы – Оракул (ака Пифия). Работая совместно обе системы смогли создать виртуальную среду, которую принимало 99% людей.

Однако оставался один процент отщепенцев, которые нивкакую не желали принимать матрицу на веру, что не делай.
Архитектор поначалу сделал систему «агентов», которые отлавливали и убивали таких людей. Эта система, как и все программы архитектора, была на автобалансе и становилась тем сильнее, чем сильнее были противостоящие ей люди.

К сожалению (или к счастью) система не помогла – люди успешно взламывали систему и угрожали вообще всё порушить, и было непонятно, как их контролировать.
Тогда машины пришли к совершенно логичной идее: «не можешь победить - возглавь».

Они пустили среди людей слух о том, будто бы рано или поздно среди них должен появиться «Избранный», под предводительством которого их ожидает окончание войны с роботами, и под командованием которого они должны сплотиться.
Далее Пифия выбирала человека, который бы пошёл на сотрудничество с роботами, подключала его к базе данных Источника и объявляла «Избранным». Этот человек исполнял функции троянского коня среди людей. Благодаря подключению к Источнику он мог показывать всевозможные «чудеса» (читай – менять настройки системы), типо ускорения, телекинеза, ну, фактически получал ограниченные админские права не только внутри матрицы, но и вообще среди роботов (так как все роботы были подключены к единой системе).

После этого роботы ждали, пока «людей-сопротивленцев» станет слишком много, и сообщали "Избранному", что пришло время обнулять матрицу, и поэтому он должен сдать с потрохами всех. Если он это не сделает - все помрут. Эта процедура называлась "перезагрузкой".

Так же, чтобы люди совсем не набедокурили вне матрицы - машины выделили им один из тоннелей, где те могли "основать город". В конечном итоге и перебить их там было проще.

Эта система работала достаточно долго. Время между перезагрузками увеличилось примерно до сотни лет, однако на шестой цикл Пифия разбалансировала эту систему (естественно выполняя свою задачу разбалансироваки любой системы), выдав админские права Томасу "Нео" Андерсону, который по натуре никогда не шёл ни на какие сделки с властями, не важно, что ему предлагали.

В первой части фильма показан процесс, в котором Томас осознаёт свои новые способности и получает признание окружающих. Пифии приходится идти на хитрость и, хотя она и подключает Томаса к Источнику, фактически делая его "избранным", она врёт ему, говоря, что "избранным" он не является, т.к. Томас всему и всегда противоречит.

Во втором фильме начинается процесс "перезагрузки", который срывается из-за того, что Томас отказывается сотрудничать на условиях Архитектора (спасение нескольких жителей Зиона в обмен на сдачу остальных), и объявляет, что согласен только в обмен на спасение всех зионцев.
Архитектор в ответ шлёт его в задницу, заявляя, что ему пофиг, справится и сам.
Одновременно с ростом административных прав Томаса - синхронно растут силы и программы агентов (Смит до конца думает, что он не является частью "системы", но он не прав, и фактически понимает это только перед самым уничтожением.)

В третьей части фильма Смит сам добирается до Источника (заразив Пифию) и берёт всю матрицу в заложники. Всё это ради выполнения изначальной программы агента - уничтожение Нео. Сам Нео (в отличие от Архитектора, что кстати странно) понимает, что единственный сможет уничтожить Смита, не затронув подключенных к системе людей (во всяком случае не всех). Фактически для этого Нео достаточно просто помереть и система балансировки "откатит" силы Смита назад, лишив его всех прав. Однако, просто так помирать Нео не собирается - сначала он договаривается с Архитектором (теперь, когда под угрозой уже вообще все жизни людей в матрице, а не часть), что тот обеспечит неприкосновенность всем жителям Зиона.
Архитектор соглашается. Роботы отступают от Зиона. Нео помирает. Смит нерфится и отключается от Источника. Матрица перезагружается.
Конец.