Действие происходит, похоже, в том же городе, что и прошлая часть (Амами Сити). Однако теперь правительство затеяло его перестройку в "Кибер Метрополис" и короче подрубило всё к интернетам и запускает в этих интернетах фритуплейную ммо "Парадигм Икс" (похоже кто-то решил стричь баблос с населения прямо на гос. уровне).
Мы играем обычным японским хакерманом (членом организации "Спукис"), который игруху взламывает, чтобы получить доступ к бете (что кстати крайне опасное занятие - могут придти злые админы из офиса разработчиков - Алгон Софт - и поиметь черенками от лопат).
В процессе взлома к нам обращается некий Кинап. Он говорит в стиле Морфеуса, что админы с черенками агенты рядом и надо уходить.
Приходим на собрание хакерманов (у Спукис штаб в грузовике), где главный в тусовке (Спуки) показывает пистолет, которым в прошлой части игры пользовались для отстрела призраков. Он не знает, что это за оружие (случайно купил его на барахолке), плюс в этой части к пистолету ещё зачем-то подвешена клавиатура с экраном и он называется "Компьютер-револьвер".
Заходим в игруху. Там к нам снова обращается Кинап, почему-то в образе пса. Он говорит, что появился монстр, высасывающий людские души. Потом он подключает нас к какому-то чуваку по имени Урабе, жившему в прошлом. Урабе пользовался револьвером-компьютером и воевал с неким Обществом Фантомов, и в том числе с компанией АлгонСофт (видимо ещё до того, как они отстроили Парадигм Икс). Конкретно - Урабе получает у Кинапа задание стырить у Алгонсофт программу "Немисса". Попутно - отстреливает демонов пистолетом, так же как и в прошлой части игры. Во время кражи Урабе ловят и прибивают, а его пистолет, надо понимать, попадает на барахолку, откуда переходит к главному герою. Ну ок.
В пистолете кстати находятся программы по вызыванию демонов и весь остальной инструментарий героев прошлой части (собсно все владельцы таких пистолетов считаются Вызывателями Дьявола и входят в Общество Фантомов. ну, кроме Урабе, который свалил из общества). Когда мы используем пистолет - первой оттуда вылезает та самая Немисса, которая оказывается демонессой.
Далее все направляемся в офис Алгонсонфт, потому что там опять демоны, и ещё там Спуки застрял и надо его вытаскивать. Находим там доступ к сайту Общества Фантомов. Там пишут, что с помощью онлайн игры общество собирает души (с этой части монстры называются "душами"). Общество сначала избавилось от Урабе при помощи демонов, и теперь пытается отследить его пистолет и всех его владельцев - то есть нас. Ещё один враг общества фантомов - детективное агентство Кудзуноха из первой части игры. С ними тоже идёт война.
Там короче файтуемся с разными представителями общества фантомов. Потом Кинап показывает нам очередной флешбек. На этот раз про Джудаса Синха. Джудас работает на общество фантомов и в процессе натыкается на Рей (из прошлой части игры), получает от неё люлей, а потом и вообще помирает. Ну ок.
Мельком натыкаемся на Сукору Кузуноху (видимо - героя прошлой части игры), но это всё уже чисто как мелкие отсылки. В основном мы долго и упорно воюет с диавольской корпорацией, которая хочет поработить всех и Украсть Их Души при помощи сраной мморпги.
Потом ещё оказывается, что под городом прокопаны древние руины, и там до сих пор живут мощные демоны, так что корпорация пытается их отрыть.
Скоро корпораця успешно выкапывает демонов, они принимаются всё разрушать, а останавливать - нам. Кстати хакермны из общества фантомов сами оказываются демонами. Короче валим всех, как обычно.
Отдельная тема с происхождением Немиссы, которая оказывается куском финального демона-босса, который отделили, чтобы чуть узбагоить монстра.
Под конец всех валим, Немисса жертвует собой, диавольскую мморпгу разносим, всех спасаем, конец.