В сумме на основе Мега Менов существует три вселенных.
Во-первых, основная вселенная, которая достаточно упрощённая в основе. Я её пересказывал здесь, есличо.
Во-вторых, Battle Network (ака .EXE) вселенная, где мегамен и прочие роботы это чисто выдуманные покемоны, в которые играют условные люди. Сами игры этой серии прекрасные, но вселенная там скучновата и она вся работает по законам унылого аниме, в котором есть школьники, у них школьные драмы, они воюют с монстрами, обязательно диавольская организация замешана, короче скукота. Я эту вселенную скорее всего никогда пересказывать не буду, так как слишком скучная.
В-третьих, есть сабж, который попытка сделать на основе мегаменов jrpg мир с лором и прочим анимешным фентези.

Mega Man Legends
Действие идёт в мире, в основном покрытом водой, за исключением отдельных островков.
Источники энергии на островках называются "рефракторами". Эти рефракторы (кристаллы) оставила в своих руинах древняя цивилизация. Люди, которые раскапывают её руины называются диггерами.

Среди диггеров ходит легенда о главном рефракторе "Матери", которым можно питать всю планету бесконечно.

Мы управляем диггером Мега Мен Волнатт (который кстати нечто среднее между человеком и роботом. то есть он робот, но роботы в этом мире считаются живыми существами, примерно как в Cars) и летаем на корабле месте с Ролл Каскетт и пофессором Баррелом Каскеттом.
В частности приземляемся на остров, где по легенде и зарыт Центральный Лод. Тут же появляются пираты (под началом Трон Бонни, и её братьев Бона и Тейзеля), которые тоже хотят выкопать сокровище.

Мы отбиваем попытку пиратов атаковать город, но они начинают раскопки в близлежащем лесу. Выгоняем их вообще с острова.

Мэр острова выдаёт нам задание самим отрыть артефакт. Есть пророчество, по которому всё будет очень печально, если он попадёт к злодеям. Успешно забираемся в руины, и пробуждаем там стрёмного робота Мегамен Юно. Судя по всему - этот Юно умеет устраивать судный день на планете. Он говорит, что мы специально были созданы, чтобы его активировать, и в прошлый раз мы с его помощью зачистили мир от "карбонов". Карбонами называются роботы другой модели, популяцию которых следует ограничивать периодическими чистками. Робот запускает спутник, который по идее должен выжечь острова напалмом.

Благополучно валим его и спасаем мир.
Не совсем понятно, был ли Юно тем самым источником энергии, о котором столько говорили большевики. Игра намекает, что Юно был роботом-админом, а где-то ещё находится "Мать".

The Misadventures of Tron Bonne
Приквел. Пиратствующая семейка Бонни охотится за очередным артефактом.
Тизел серьёзно задолжал некому Лоафу и теперь должен вернуть деньги. Подручные Лоафа под началом Глайда забирают Тизела, чтобы отрабатывал. Теперь вернуть долг должна Трон.

Плюс там ещё 200% натекает, и потом ещё, и короче Трон бегает всю игру ищет деньги. Под конец ей наоедает, она забвает Лоафа и сдаёт его в полицию. На этом конец.

Mega Man Legends 2
Среди островов есть один особо секретный - над ним крутится торнадо, никого не пуская. Тридцать лет назад, родители Ролл вместе с Баррелом и Вернером Фон Блютером (который типо местного изобретателя-миллионера). Вернулись живыми только последние двое. И вот теперь Брютер утверждает, что на этом острове находится "Мать".

На пресс-конференции внезапно появляется мать Ролл - Матильда Каскетт (её правда все почему-то называют Юной). Она заявляет, что "Мать" это не источник энергии, а опасная фигня, которую лучше не трогать. И сваливает.

Мегамен и Ролл летят разбираться, что это вообще было.
Тем временем Блютер отстроил особый корабль, чтобы сесть на остров. На корабле у него, кроме всего прочего, затесались пираты Бонни (даже с Глайдом). Юна пытается им помешать, но в результате они просто сваливаются на остров.
Мегамен с Ролл приземляются следом и будят некую девочку-робота по имени Сера.

Сера говорит, что если добыть четыре ключа - можно распечатать "Мать". Далее почти всю игру собираем ключи.

После сбора - Сера захватывает корабль и ключи. Далее она вылетает в Элизиум, который город древних, висящий на орбите, чтобы запустить программу по стиранию памяти всех роботов, чтобы перезаписать в их тела сознания жителей древней расы.

Там идут отвратительно озвученные флешбеки, где рассказывают, что создатель всех роботов планеты сделал Мегамена как робота-помощника и записал в него свою память на всякий случай перед смертью. А так же попросил уничтожить программу по перезаписыванию памяти роботов (видимо он сначала хотел перезаписать, а потом решил что те роботы что есть в целом ок). Я так понимаю, что изначально на планете жили люди, но со временем они вымерли и создали роботов, чтобы себя восстановить, но потом передумали.

Летим на орбиту, останавливаем программу. Мир спасён.

Rockman DASH: 5-Island Adventure
Здесь события между первой и второй Legends. Мегамен и пираты скачут по островам в поисках лута. Под конец Мегамен находит телепортатор в Элизиум, но тот нерабочий. Всё.