Во-первых ссылки на подробные пересказы. Там просто тонна арта и видео, особо к Automata у меня почти закончился лимит на 40000 символов. Еще чуть-чуть и пришлось бы разбивать на части:
Drakengard
Drakengard 2
Nier
Drakengard 3
NieR: Automata

Во-вторых, пересказы касаются одних игр. Я в курсе, что там есть еще книги и энциклопедии и аудиодрамы, и все это каноническое, более того Сквер имеет дурную привычку ретконить, то есть поздними частями противоречить ранним и переписывать канон задним числом. То есть официальный текущий канон может отличаться.

В-третьих, Сквер это не та компания, над сюжетами которой надо думать. Они клевые, но при этом - чудовищно дырявые, и Сквер обычно крайне мало парится, чтобы что-то приводить в порядок. Люди творят искусство и филигранно ебут мозг, им не до этого. Если вы хотите задуматься над сюжетом Сквер, вон выберите Chrono Cross или Parasite Eve. FF13 еще очень хорошая попытка на победу. И потом можете переходить к сабжу. Не нужно относиться к сюжетам Сквер слишком серьезно. Они не для того сделаны.

В-четвертых. Почти всегда за редкими исключениями (одним исключением - Front Mission) разные игры в скверовских сериях очень плохо стыкуются друг с другом и нужно как-то искусственно их подбивать, что-то игнорируя, и что-то додумывая. И фанаты имеют привычку приходить к единому канону (читай - единому реткону, так как он обычно игнорирует часть канона, потому что иначе невозможно). И я в этом посте не описываю мнение фанатов. Я пытаюсь сводить так, как получилось у меня. Но я постараюсь аккуратно)

-
Таким образом, погнали, it's kinda hilarious stuff anyway.

Есть планета под названием Гайя. Эта планета в целом достаточно похожа на Землю.

856 год
На Гайе происходит Катаклизм, открывается портал и в нее из подпространства вылетает высокотехнологический город будущего, к тому же набитый магическими артефактами. Средневековые жители Гайи тут же отстраивают вокруг этого города целую Империю, пускают магические летающие корабли, короче веселятся как могут.

995
Веселье заканчивается новым катаклизмом. Видимо, местные переиграли с магией, короче вылезает цветок-паразит, собирающийся уничтожить мир. И первым делом он уничтожает имперскую столицу и большинство магов и магических существ. А самого сильного мага в мире - девушку по имени Ноль он заражает. Цветок постепенно захватывает ее мозг и тело, чтобы в результате уничтожить мир.

997
Нулю крайне происходящее не нравится, она пытается грохнуть паразита или хотя бы грохнуть себя, но тот во-первых регенерирует любую рану, сволочь такая, а во-вторых разделяет силы Нуля на шесть частей, выводя из ее тела еще пятерых магичек с именами "Один", "Два", "Три", "Четыре" и "Пять". Он ими управляет как куклами.
Чтобы Ноль их не грохнула, эти магички обращаются к имперцам с предложением взаимовыгодного сотрудничества. Имперцы в ответ радостно объявляют их богинями, посланными небесами для защиты бренного мира и ставят под охрану.

1000
Drakengard 3
Ноль понимает, что все очень плохо, прибегает к "сестрам-богиням" и зверски шинкует их одну за другой. Однако, как оказалось, последняя из сестер (Единица) создала себе брата-близнеца (т.е. цветок таким образом еще раз пробэкапился). Этот брательник убивает Ноль, и таким образом в его тушке таки остаются споры паразита. Но магии в парне настолько мало, что паразиту нечего жрать, он уходит в спячку. А Брат-Единица устраивает внутри империи культ, поклоняющийся лично ему.

1100 (примерно)
Drakengard
Проходит где-то век, и у другого государства, называющегося "Союз", у самого появляется сильная магиня по имени Фураэ. Непонятно, откуда она взялась, но есть достаточно смутная и муторная легенда, будто бы она не позволяет прорваться в их мир злу. Кто знает, возможно как раз какие-то проблемы с ней вызвали катаклизм в 856 году. Непонятно. Эту Фураэ называют Богиней, но она не имеет никакого отношения к богиням из Drakengard 3.
Ей сразу начинают интересоваться несколько сильных фракций - во-первых цветок паразит, который век переходил из поколения в поколение, теперь сидит в девочке по имени Мана и будет крайне рад порталу с магией. Во-вторых, драконы, которые еще с 856 года мечтают устроить нашествие на Гайю.

В результате цветок направляет культ (а тот направляет всю Империю) воевать с Союзом. Империя войну сливает, но уже будучи на грани уничтожения они ловят Фураэ и шинкуют кинжалом. На этом месте таймлайн кардинально разбивается на две альтернативных ветки.

Первая ветка
Дракон по имени Ангелус занимает место Фураэ, запечатывая своей тушей проход из других миров. И возвращая таким образом условный мир. Так как Империя уничтожена, власть в регионе захватывает Союз. И все это на самом деле хитрый план драконов, потому что они сразу же создают особого человека по имени Нови, который в будущем, когда подрастет, должен передать им власть.

1118 (примерно)
Drakengard 2
Проходит 18 лет, Нови вырастает до минимально способного на захват мира фентези-ОЯШа и драконы запускают достаточно муторный (и полный сюжетных дыр) план, по которому он должен снять с Ангелуса особые замки, снова открыть магический портал и стать оружием армии драконов. Однако Нови это все не интересно. Интересно ему только подкатывать к подросшей Мане (непонятно, сидит ли в ней в этот момент цветок-паразит, так как его Сквер позже добавили ретконом).
Короче в любом случае Нови снимает с Ангелуса замки, снова открывает портал из других миров, откуда сразу же начинает переть инфернальная херь (которую местные называют "богами" видимо в лавкрафтовском смысле) и далее есть три основных концовки, либо можно выступить на стороне драконов, либо на стороне богов, либо валить и тех и других. Какая из них каноническая - неизвестно, потому что на этом временная ветка заканчивается.

Вторая ветка
Во второй ветке вместо того, чтобы заткнуть магческий портал в неизвестное, Ангелус вместе с грибом-паразитом вылетают через этот портал и оказываются на нашей Земле в 1999 году, прямо посреди Токио. Там они бьются, но очень быстро прилетают истребители СУ-27 и дракона нахер сбивают. А паразит остается.

2049 (отсюда и далее - Земля, а не Гайя)
На Земле тоже происходит расцвет технологии и магии (Ангелус был до зубов увешан магическими артефактами), однако скоро праздник заканчивается точно так же, как он закончился на Гайе - гребаный паразит начинает готовить апокалипсис, искореняя человеков под корень.
Люди находят только один способ спастись - проект Гештальт. Смысл проекта в том, что у каждого человека разделяются душа и тело. При этом душа отправляется в некий схрон на сотни лет в ожидании, когда паразит сам по себе сдохнет от скуки (ровно тоже самое в тех же обстоятельствах кстати делали в сериях Halo и Assassins Creed, то есть это типовое решение проблем в фентези). Когда опасность минует - предполагается запустить проект восстановления человечества, по генетической информации вырастить их тела, и потом засунуть туда души из схрона.
За проектом оставляют следить нескольких биороботов, люди же благополучно лишаются тел, и их души залегают в спячку.

3361
Nier
Проходит почти полторы тысячи лет, когда Земля уже почти отошла от вируса, и близится время завершения проекта Гештальт. Однако не тут-то было, потому что среди душ людей оказывается одна принадлежащая особо отчаянному моральному уроду по имени Ниер. У этого Ниера есть дочка Йона, и он с этой дочкой носится как с писаной торбой, вообще полностью целиком на все ему насрать, ебись все конем, сдохните все, только бы гребаная Йона не кашляла. Ему крайне тяжело видеть свою дочку тринадцать веков подряд в состоянии духа - без тела. И он решает форсировать события, и ускоренным способом запустить восстановление человечества раньше времени, причем ему даже похрен на человечество - ему нужно тело Йоны, чтобы засунуть туда ее дух и спать спокойно.

Однако тела людей, которые растут, подготавливаясь к воссоединению - это фактически биороботы. И эти биороботы понятия не имеют, кто они такие, зачем они созданы. Они считают себя просто вот людьми. И они видят, что какая-то блин сила лезет из преисподни и этой силе нужны их тела.

Причем тело Ниера это ровно точно такой же мудозвон, как и его дух. И когда это тело видит, что из ада лезут какие-то тени к телу его дочки Ионы, у тело-робото-Ниера просто идет пена изо рта, он хватает огромный меч и ему вообще на все насрать. Ну то есть один урод нашел другого и они начинают биться.

В результате Ниер-дух успешно восстанавливает свою дочку насильно захерачив ее душу в тело, но у той развивается раздвоение личности, тело хочет к одному папочке, душа к другому, все очень-очень плохо, она в результате совершает суицид (там есть разные варианты-концовки, но).
Робо-физический-Ниер просто выпадает в осадок от произошедшего, он захерачивает и своего духа-двойника и вообще перехерачивает всех людей, все человечество то есть. То есть на Земле остаются одни тела-андроиды проект выживания цивилизации наотличненько запоролся силами одного пидора.

5012
Далее проходит вот очень много лет, эти магически созданные биороботы-андроиды живут себе на Земле, пока вдруг не прилетают инопланетяне и не насылают на людей роботов. Атака проходит очень удачно, немногочисленные андроиды ретируются на Луну, а Землю заселяют роботы, и первое что вообще они делают - это под корень выпиливают самих инопланетян. После чего заселяют себе планету.

5204
Проходит два века, и андроиды решают, что неплохо бы им Землю себе отбить назад. Они кстати к тому времени сами стали больше на роботов походить, научились копировать сознания в разные тела, но все-таки они от роботов отличались, как более эволюционно совершенные создания. Хотя очевидно и более слабые в военном смысле.
Управляет андроидами система под названием Йоха. Эта система, создает во-первых орбитальные станции вокруг Земли, а во-вторых создает легенду, будто бы инопланетяне изгнали с Земли не магических роботов, а людей, и теперь эти люди сидят на Луне, и ждут, когда их друзья андроиды отобьют для них назад планету. Почему-то самим за себя андроидам драться не хотелось. А вот за людей - сколько угодно.
Тех андроидов, которые узнавали, что никаких людей много веков нет - система убивала.

11945
NieR: Automata
В таком положение проходит еще очень-очень-очень-очень-очень много лет. Роботы с андроидами воюют себе более или менее безрезультатно. Сами роботы тоже постепенно эволюционируют, и последние поколения их вообще мало отличимы от людей и приводит это к смешной достаточно ситуации, когда роботы наконец эволюционируют настолько, что у них появляются реальные робо-люди нового поколения, ростки будущего человечества, но андроиды их вырезают во имя настоящего человечества, которое якобы страдает на Луне.

В результате все-таки традиция ломается, информация о том, что людей то блин нет вообще никаких давно, выходит за рамки дозволенного, и система Йоха в последней попытке сохранить секрет, решает вообще всех андроидов (кроме лично себя любимого) поубивать, взломав им мозги. И, что характерно, всех взламывает, кроме одного андроида по имени 9С, который (там с помощью других героев) систему раздалбывает, и на этом конец, андроиды с роботами заселяют Землю, пытаясь там найти какие-то способы ужиться. Это видимо хэппиэнд. Понятно что временный.