Сначала в общем. Смотрите, в финалках есть общий лор объединяющий всю вообще франшизу. Этот лор очень пунктирный, ретконный и не до конца каноничный, но он есть.
Смысл его в том, что есть спящая богиня Космос, которая в своих снах воюет со злобным богом Хаосом. Ее сны это разные миры из серии Final Fantasy. В ее сны Хаос пускает злодеев ака Воинов Тьмы, а Космос создает кристаллы и героев ака Воинов Света. На этом лоре в основном паразитирует Диссидия.

Но, так же в финалках есть подсерии, самые крупные из которых это Ivalice Alliance, Crystal Chronicles и Fabula Nova Crystallis.
Сабж входит в последнюю, вместе с трилогией FF13 (под-под-серией), FF15, Type-0 и Agito.

В этой подсерии отдельный лор, смысл которого в том, что есть мир, где живут четыре крупнейших нации - Рубрум, Милитес, Конкордия и Вермилион. У каждой из наций свой кристалл и правители нации находятся под управлением этого кристалла (они называются "элси"). В какой-то момент между нациями начинается война до победного, пока одна не получает все четыре кристалла.

Тогда появляется некий "Агито" (бог апокалипсиса?) и перезагружает мир, даже географию меняет, там снова появялются четыре нации они опять воюют, опять перезагрузка и так до бесконечности с мелкими отличиями. Awakening, Type-0 и Agito рассказывают о трех таких перезагрузках.

Однако в какой-то момент оказывается, что сами по себе кристаллы управляются титанами (фалси), которых эта бесконечная война задалбывает, и они людей разоружают и запаковывают их в безопасный город "Пульс". Где какое-то время живут, пока люди этих Фалси не выпиливают, что приводит к совсем уже полному апокалипсису всей системы (см события FF13) и совсем полной перезагрузке мира.

И после финальной перезагрузки, судя по всему, мир превращается в то, что мы видим в FF15. Такая в общих чертах связь между сериями. То есть подразумевается, что это был другой вид снов богини, обычно она видела сны про противостояние героев против злодеев, а в подсерии Fabula Nova Crystallis видит сны про мировую войну, но человеки сраные даже в вечную войну не умеют, разваливают все, как обычно, ничего им доверить нельзя.

Далее про сабж.
Я какбы совсем кратко, потому что пишу этот пост уже второй раз, потому что один раз уже просрал этот текст:

Здесь очень близкая история к Type-0. Мы точно так же играем за элитного (Класс Ноль) кадета Рубрума и воюем с остальными нациями, и где-то на первой трети игры их всех побеждаем, после чего начальство говорит, что надо готовить некий "Темпус Финис" видимо подготовку мира к перезагрузке.

Однако и без всякой подготовки начинается апокалипсис. Из Пандемониума прут монстры и все плохо.
Прорываемся контратакой через Пандемониум и находим там врата. Кстати оказывается что Агито это как раз наш персонаж и есть, фактически его появление было началом конца, и на нас среагировали кристаллы, начав войну.

Перед самым апокалипсисом возвращаемся в прошлое в начало игры, когда только началась война наций.
И далее финальную треть игры идет страшный филлер, потому что мы почти точно повторяем события, так же идет война наций, там мельчайшие изменения. По идее это все должно как-то изменить расклад сил в апокалипсисе, но по факту что там дальше тридцатой главы игры неизвестно, так как сквер эникс отозвали лицензию, и игрушку закрыли на этом моменте.