У нас внутри пальцев, между костями, формируются пузыри углекислого газа. Когда мы "хрустим пальцами" - мы лопаем эти пузыри. Именно от этого появляется характерный звук.
Чтобы лопнуть их второй раз - нужно подождать примерно 20 минут. Столько времени требуется, чтобы пузырям сформироваться снова.

В медицине считается, что это безопасно для организма. К примеру чисто для эксперимента нобелевский лауреат Дональд Ангер шестьдесят лет подряд ежедневно хрустел пальцами только на одной руке, а на второй нет. Никаких отличий между состоянием рук он не заметил.
Есть конечно и более серьезные исследования этого вопроса.

И да - хруст в коленях это совершенно другой звук, и у него другие причины. И вот как раз хруст в коленях это не очень хороший признак, это сигнализирует об изнашивании хряща.