Из своего опыта - два способа борьбы с негативными ощущениями на бегу
1) снизить темп (даже на шаг перейти) - помогает с болью в боках, когда сразу взял не тот темп или не до конца ужин переварил
2) поднять темп - помогает с болью в ногах и с ощущением "большенемогусилнетвообще"