Читаю историю Гилилея. Церковь никак не была его противником, наоборот, он постоянно общался с монахами-учеными. Противниками Галилея были те ученые-консерваторы, которые хотели "законсервировать" Галилея с его теориями для того, чтобы он не мешал им почивать на лаврах. Они и "раскочегарили" богословский спор, а так же пустили в ход обычное оружие: ложь, клевету, обвинение в "сотрудничестве с врагом":

"20 марта 1615 года произошли первые тревожные события для Галилея. Томазо Каччини, убежденный в ошибках Галилея, дает против него показания в инквизиции. Он утверждал, что от некоторых из учеников Галилея он слышал богохульные высказывания в адрес святых и Самого Господа. Он говорил, что Галилей придерживается двух положений: Земля движется, как целостнее тело и совершает суточное обращение. Солнце неподвижно. Следовательно, он противоречит вере. Каччини выразил сомнение в вере Галилея, т.к. он ведет переписку с лицами из Германии (охваченной реформацией)."
http://www.pravmir.ru/article_1659.html

Уже после этого в эту кашу из истины и лжи включились церковные богословы. Плюс личные обиды, плюс состояние войны с расколом на севере Европы - и весь это "кипящий котелок" прикрыли разом. Причем речь шла не личных угрозах, и уж никак не о костре, а всего лишь о запрещении опасной с точки зрения некоторых богословов теории.