"Искусственный организм - это вопрос, который задаёт природа. И ответ на него - смерть." (с)

Главная интрига - откуда же бох? Сказал бы я откуда.
Впрочем неважно.

Протагониста зовут Джейси Дентон. Он агент правительственной службы Юнатко (Антитеррористическая Коалиция ООН), и на их штаб-квартиру напали террористы из организации НСФ (Национальные Силы Сепаратистов). Дентон только что прошёл обучение и прокачку тела имплантами и теперь его первое задание - отбить у террористов заложников.

Во время штурма узнаём, что НСФ захватили партию "Амброзии" - лекарства от чумы (в городе эпидемия и отсутствие лекарства вызывает беспорядки) и неплохо бы отбить у них это всё добро.
Освобождаем заложников. Ловим главаря террористов. Он говорит что они собираются раздать лекарство людям бесплатно.

Другие местные организации:
ФЕМА - корпорация зла, выпускающая те самые лекарства от чумы. По слухам - сама же и запустила эпидемию, чтобы на ней нажиться.
Силуэт - организация фанатиков, ратующих за имплантирование всего населения.
Триады - сообщество китайских хакеров.
Так же: "Тамплиеры" (терроризируют Европу), Икс-51 (работают в США)

По окончанию миссии получаем брифинг от директора - Джозефа Мандерли: Теперь мы сами должны вломиться к НСФ и отбить у них побольше Амброзии (богачи волнуются, что они не получают вакцины и пинают государственное агентство). Высаживаемся вместе с напарницей - Анной Наварре.

Успешно громим базу НСФ, однако за грузом Амброзии приходится побегать. Плюс пропадает брат героя - Пол Дентон. Он как раз занимался добычей Амброзии и сфейлил. Там приходится бегать за бочками с лекарством. Последняя у главаря террористов - Хуана Ивановича Лебедева.
Пока идём к Хуану Ивановичу, чтобы отвесить ему Пиздюлей Петровичей - встречаем Пола (брата). Он говорит что на Амброзии наживается правительство, и НСФ крадут лекарство, чтобы перевезти его в Гонконг и там учёный Трейсер Тонг синтезирует более дешёвый вариант для всех нуждающихся.

Находим Лебедева. Он сдаётся, однако подбегает Анна Наварре и говорит что сейчас убьёт его. Перед смертью Хуан говорит что у Дентона не было родителей и его искусственно создала секта технофилов (надо понимать - тот самый "Силуэт").

Агенты Юнатко (Юнатки?) кидаются за Полом. Джейси же направляют в Гонконг ловить Трейсера Тонга.
Перед отправлением находим Пола. Правительство поставило его импланты на самоуничтожение (с Джейси могут сделать так же есличо), так что он скоро помрёт. Он говорит что Силуэт и НСФ работали вместе и просит Джейси передать лидерам сопротивления послание, которое поможет им шифровать свои передачи от правительства.

Отправляем послание. Юнатко ставит вне закона обоих братьев Дентонов. Пол говорит что глава Юнетко входит в теневое правительство, известное как "Маджестик 12" (MJ12), и что там же и корпорация зла ФЕМА, и много кто.
Пол помирает. Сваливаем. По пути убиваем Анну.

Правительство нас ловит и сажает в тюрьму. Сбегаем с помощью некоего хакера, называющего себя "Дедал". Он говорит что нужно как можно быстрее добраться до Трейсера Тонга, если хотим отключить самоуничтожение своих имплантов.

Летим в Гонконг. Встречаем Тонга. Отключаем самоуничтожение своей туши. Следующее задание - залезть в лабораторию Маджестик 12 и узнать, как они производят чуму, чтобы таки сделать наконец противоядие самим.
Там прилично времени бегаем по разным террористическим организациям (там их куча - Силуэт, Тамплиеры, Иллюминати, авторы вспомнили всё, что смогли) и понемногу собираем ингредиенты для создания лекарства от чумы.

Между прочим, рассказывают что Дедал был защитной системой, созданной Маджестик 12. Их собственная система идентифицировала авторов как террористов и перешла в оппозицию.

Там ещё долго и упорно бегаем по базам Маджестик\Юнатко\Фема\Правительства (всё это в общих чертах одно и тоже), пока дружественные террористы (МСФ\Силуэт\Иллюминаты\Триады) не предлагают гениальный план - подрубить Дедал к системам вооружения США, чтобы он всю эту шалупонь разбомбил. Я всё понимаю, но ребят, вы что, Терминатора не смотрели? И фантастики не читали? И вообще ничего никогда не смотрели и не читали? Короче ну ок.

В результате уничтожаем заразу, производим вакцину, убиваем всю верхушку недружественных организаций.
В игре есть три концовки:
1) Передать власть очередному теневому ордену (Иллюминатам) и присоединиться к ним.
2) Передать власть компьютеру и подключить к нему свой мосск.
3) Отключить глобальную сеть и вернуть весь мир в каменный век (надо понимать, что под каменным веком они подразумеват девяностые годы, ахах).