"Настоящая проверка любого выбора - это необходимость сделать этот выбор снова"

"- Это наша карма.
- Вы верите в карму?
- "Карма" это слово, означающее "то, зачем я здесь". Я не против своей кармы. Я благодарен за неё."

Многие не понимали, что происходит в концовке, почему Смит уничтожается. Ок, объясняю.
Это не так сложно на самом деле. Вы не поверите - но в трилогии очень аккуратно сведены все концы с концами и есть достаточно несложные объяснения. (Ещё будет упрощённый общий пересказ всей трилогии и всего-всего.)

Ниобе с Гостом бегают где-то по переходам.

Сознание Нео - в Матрице. Я так понимаю, что как раз сознанием изнутри матрицы он отрубил охотников в конце второй части фильма.

То есть фактически Нео подключился к Матрице беспроводным подключением. Местные почему-то считают это неким подобием "чуда", хотя вроде бы очевидно - вайфай, спутник, все дела. Очевидно у Нео в башке есть имплант, позволяющий ему коннектиться через спутник. Это воще не рокет сайенс вот совсем.

До атаки машин на Зион - двадцать часов.

Пифия вызывает к себе людей. Зачем?

Сознание Нео внутри Матрицы находится на станции подземки - Mobil. Это конечно анаграмма от Limbo - чистилища.
Поезда оттуда идут в Матрицу, то есть я так понимаю, что Нео подрубился к некоему временному хранилищу данных, через которое проходят программы перед встраиванием в матрицу (и наоборот - перед выходом из матрицы и управлением роботами). Это очень логично т.к. очевидно внутри и вне матрицы - разные среды и программы должны быть подготовлены к смене.

Программа, заведующая переходов внутрь\наружу матрицы называется "Машинистом".

Пифия говорит, что она сделала решение и поплатилась за него. Я так понимаю, что подразумевается её решение саботировать плановую перезагрузку.

Машинист работает на Меровингена. То есть он - нелегальная программа по затаскиванию всякого в матрицу (и вытаскиванию наружу).
Тринити и Морфеус направляются к Меровингену, чтобы уломать того вытащить Нео.

Программы в подземке говорят, что они создали новую прогу (они называют её дочерью, хотя правильнее было бы называть её "совместной разработкой").
Создали просто так, без конкретного предназначения, как произведение искусства. В матрице такие программы только тратят ресурсы, и поэтому должны стираться. Родители конечно против, так что они бегут наружу. (Поправка - ровно наоборот роботы создали "дочку" вне матрицы и затаскивают её внутрь.)

Тринити и Морфеус прорываются к Меровингену и выбивают из него проход для Нео.
Нео говорит, что хочет увидеться с Пифией, прежде чем свалит из Матрицы.

Нео спрашивает у Пифии, в чём её план? Чего она добивается.
Пифия отвечает, что сама не знает. В конечном итоге, да, именно таков и план - выйти за границы системы перезагрузок, которая ей не нравится.

Пифия говорит, что часть Нео находится в "источнике" - центральной базе данных, где сидит Архитектор. Именно обратившись к этой базе данных он отключил охотников. Я так понимаю, что большинство "чудес" Нео являются результатом доступа к Источнику (например, именно через эту базу данных он чувствует, если недалеко агенты, и, судя по всему, меняет характеристики, летает, останавливает предметы). Пифия говорит, что силы всех "избранных" такие же. То есть, я так понимаю, она даёт одному из людей доступ к источнику. Она же дала этот доступ и Нео.

Пифия: "Ты и я можем не видеть события после некоторых выборов, но Архитектор вообще не способен видеть события после любого выбора". Я так понимаю, что он не очень хорошо работает с вероятностями.

Пифия говорит, что её конечная цель это остановка войны между людьми и машинами.
В принципе я об этом писал в пересказе второй части фильма. Ситуация между машинами и людьми - это замороженный конфликт и стратегия Архитектора базировалась на вечном поддержании конфликта в статусе замороженного. То есть по его идее - машины должны побеждать Зион, потом всё перезагружалось, машины снова побеждали и так до бесконечности.
Пифия же хочет наоборот сломать эту систему.

Пифия говорит, что Смит - специально создан Архитектором, чтобы остановить Нео, потому что задача Аритектора в балансировке системы. То есть это не Нео каким-то образом "освободил Смита". Это система поняла, что обычные агенты не работают и создала суперагента.

Пифия хочет, чтобы Нео вступил в переговоры с Архитектором. Для этого естественно Нео должен быть достаточно сильным, иначе Архитектор откажется от переговоров. Самобалансировка системы создала Смита, и значит в переговоры так же может вступить и Смит. Хотя до конца не понятно, что ему нужно. То есть у Смита нет стратегии, его план в том, чтобы победить Нео (он об этом во второй части рассказывал), что делать дальше он понятия не имеет.
Это важно для понимания концовки - Смит создан только как акт самобалансировки системы.

Нео и Бейн она выходят из матрицы. Бейна безрезультатно допрашивают.
Смит заражает Пифию и таким образом сам получает доступ к источнику.

Находят Ниобе и остальной экипаж Логоса.

До атаки машин 12 часов.
Жители Зиона хотят устроить диверсию и отрубить бур.

Подрубают Логос. В результате есть два корабля. Один собирается возвращаться в Зион. На втором Нео (с Морфеусом и Тринити, плюс туда Бейн конечно засаживается) хочет лететь на переговоры с Архитектором.

Точнее нет. Морфеус почему-то бросает Нео и Тринити и улетает с остальными. Лолшто? Чувак)

Нео с Бейном\Смитом дерутся. Нео теряет зрение. Далее он видит, подключившись к источнику и другим системам.

Начинается атака на Зиион.
Люди неудачно атакуют бур. Электромагнитных бомб во всём городе конечно нет ни одной.
В Зион залетает Логос. Врубает ЭМИ, что позволяет выиграть немного времени.
Чтобы выиграть ещё больше - люди взрывают подступы к Зиону, замуровывая себя.
В сумме это даёт ещё где-то два часа.

Нео подлетает к источнику. Тринити погибает при посадке.
Условия Нео - он спасает Матрицу от Смита. В ответ Архитектор не уничтожает Зион и машины находят какой-то новый способ сосуществования с Зионом без постоянных вырезаний.

Спасти матрицу от Смита - для Нео элементарно. Достаточно сдохнуть.
Тогда балансировочная система сама уничтожит Смита. Фактически он уничтожит сам себя, т.к. напомню, его смысл был только и исключительно в балансировке Нео.
Что Нео и делает.
Почему он сначала дерётся? Потому что пытается таки как-то разобраться, не жертвуя собой.

И нет - бой Нео со Смитом не на Той Самой Улице из первой части. Вообще ничего общего. В концовка боя вообще на Таймс Сквер.

Нео таки да - помирает за грехи, то есть в конечном итоге выступает в роли Иисуса Христа.

Смит: Почему вы сопротивляетесь, мистер Андерсон?
Нео: Потому что таков мой выбор.
Ну да. А так же полное определение характера Нео. Всё что он делает - идёт против всего чисто потому что ему хочется.

Перед самым уничтожением Нео - Смит почти врубается, что этим уничтожит и сам себя. Однако мозгов у него не хватает.

На этом всё. Все тела вылечены от Смита. Война закончена, хотя непонятно надолго ли, и что мешает Архитектору нарушить своё обещание.
Машины куда-то утаскивают тело Нео.
Матрица перезапускается.

Пифия берёт с Архитектора обещание, что желающие освободиться из матрицы - теперь будут освобождаться без проблем. Опять же, непонятно, зачем он даёт это обещание.
Возможно, у него есть опасения, что в следующий раз избранный будет ещё более навороченным, и так легко отделаться не выйдет.

Под конец говорится, что девочка-программа, созданная просто из любви к прекрасному - создаёт красивые оптические эффекты на рассвете солнца.
Пифия говорит, что Нео ещё вернётся. Это странное утверждение, потому что тогда балансировочная система опять создаст Смита.