Во-первых, Doom 3 это неканон. Так же не канонические Doom RPG и Doom 2 RPG - хотя первая какбы условно повторяет сюжет первой части игры, а вторая условный гайден там с еще одним нашествием на еще одной станции.
Во-вторых, связь между Doom 1-2 и остальными частями - сильно условная. Этот пост скорее пытается притянуть за уши как можно больше частей в единый сторилайн.

Изначально существовало существо по имени Давот (он же Дьявол). Он активно создавал миры в поисках бессмертия. Свой мир он назвал Джеккад (ака Ад), а мир-лабораторию где проводил эксперименты назвал Урдак (Рай). Для управления лабораториями он создал расу Мейкр (ангелов) под руководством главного Кан Мейкра. Далее он наклепал тонну миров, в том числе мир людей - Землю.

В какой-то момент ангелы нашли бессмертие, но не захотели делиться с создателем и главный ангел отгородил Ад от остальных миров, и там видимо какая-то бойня у него в Дьяволом прошла, в результате от обоих остались только сферы душ. В теории используя эти сферы они могут вернуть физические тела. Но по факту они остались витать какбы духами, нашептывая разное жителям миров.

Лишившись правителей миры принялись жить сами по себе. В частности Мейкр принялись бегать за особой энергий Аргент, которая получалась из душ. (Еще они переписали историю, записав туда своего создателя дьяволом, а своего первого президента богом). В процессе они наткнулись на убермощную расу воинов Сентинелов (Стражей) из мира Аргент Днур (он же Сентинел Прайм). Мейкр подписали с Сентинелами договор и многие миллионы лет совместно захватывали галактику, наводили порядок и все было хорошо. В частности они захватили Землю еще за шестьдесят миллионов лет до нашей эры, и свалили с нее, там как обычно оставив руин.

Далее наступает наше время. Появляется человечество. Оно расселяется по солнечной системе и корпорация ЮАК (Union Aerospace Croporation - Объединенная Космическая Корпорация) проводит на спутниках Марса эксперименты с телепортацией.

Doom (1993)
Эксперименты выходят боком. На Фобосе нашествие демоном, а Деймос целиком телепортировался в Ад.
Мы играем безымянным морпехом (космоморпехом, надо полагать), который убил вышестоящего офицера, за то, что тот открыл стрельбу по гражданским. Военный трибунал сослал нас на Марс, где UAC перерабатывала радиоактивные отходы. Вся марсианская база моментально оказывается вырезана и игра начинается с того, что мы прилетаем а Фобос разбираться.

Зачищаем Фобос, потом телепортируемся в Ад и чистим Деймос, потом сам Ад, потом летим на Землю, обнаруживаем там уже полномасштабное нашествие и выносим передовой корпус демонов.

TNT: Evilution
Одновременно другое нашествие происходит на одной из лун Юпитера, где UAC занимается теми же порталами. Там с демонами разбирается другой морпех.

Doom 2: Hell on Earth
Завершаем зачистку Земли.

The Plutonia Experiment
После нашествия проходит некоторое время, и переформированная UAC (прошлый совет директоров оказался поголовно сожран) пытается предотвратить последующие проблемы с жителями Ада методом новых экспериментов. Эксперименты заканчиваются ожидаемо. Лаборатории нужно как обычно зачищать, что мы и делаем.

Doom 64
Далее мы возвращаемся на уже ранее зачищенную базу (судя по всему подразумевается Фобос) и отстреливаем там монстрятник второй раз, ибо отресались все.

Из базы второй раз перелетаем в Ад. Снова там всех забиваем и в результате решаем остаться там жить, пресекая любые попытки демонов вернуться на Землю. (В этот период демоны забирают у нас что-то важное, но что именно игра не сообщает.)

Doom II: No Rest for the Living
Жизнь в аду.

(далее флешбеки из Doom Eternal)
Не совсем понятно, сколько времени мы шаримся по Аду, но в какой-то момент нашу израненную тушу находят Сентинелы, которые давно уже себе спокойно живут в союзе с Ангелами/Мейкр и про ад ни те ни другие никогда не слышали.

Мы какое-то время у этих сентинелов тусуемся, становимся уважаемым бойцом в их обществе и рассказываем им про ад и демонов. Добродушные инопланетяне решают что это очень круто, и надо бы ад захватить. И далее у них начинается долгая война с демонами, в которой участвуем и мы тоже, уже на позиции элитного сентинельского бойца (Ночного Стража).

Захват Ада проходит вполне неплохо, союзники даже отстраивают там несколько городов, когда Мейкр вдруг понимают, что Ад это отличный источник Аргент энергии, которая напомню Мейкру вот очень-очень нужна. И тогда главный ангел - Кан Мейкр подписывает с Темным Лордом (не дьяволом а местным временным правителем) сепаратный мир, можно сказать договор Молотова-Риббентропа. Смысл договора в том, что демоны снабжают ангелов Аргент энергией, а ангелы в ответ помогают демонам захватывать физический мир. Самим ангелам на смертных вообще плевать, у них есть своя вселенная и им там хорошо.

С поддержкой ангелов, дела у демонов резко начинают идти в гору, и Сентиелы оказываются в одиночестве против двух древних рас. В этот момент нематериальный Дьявол решает что пришло время ему вмешаться, он решает создать из самого сильного сентинела своего убербойца для мести мейкрам - Дум Слеера. А самый сильный сентинел это наш героический морпех. Его запихивают в машину по прокачке. И в этот момент в процесс вмешивается крупнейший оставшийся от Бога Серафим - короче убервоен есть, но дьяволу он не подчиняется и вообще никому не подчиняется всех видел в гробу.

Прокачка проходит успешно, и ход войны снова начинает идти в сторону Сентинелов, однако Кан Мейкр сговаривается с сентинеловскими жрецами (Дегами) и они устраивают для Дум Слеера (и всего элитного отряда Ночных Стражей) ловушку. Они сообщают, что если уничтожить Демоническую Кузню, то демоны вымрут. Сентинелы тут же бросают в атаку все свои силы, а жрецы запирают за ними проход. Таким образом Сентинел Прайм оказывается беззащитна, а Ночные Стражи (и Дум Слеер) заперты в каких-то невозможных глубинах Ада.

В результате Ночных Стражей почти всех вырезают, сентинелов тоже вырезают, Дум Слеера (нас) ловят и заточают в саркофаг, а Распятие отбирают.

Doom (2016)
Ангелы-Демоны, на правах победителей некоторое время наводят ужос и ахуй на весь цивилизованный космос в полном вообще взаимном удовлетворении, и в какой-то момент их взгляды падают на Землю, которая вот очень лакомый кусок, она еще сильнее развилась за прошедшие годы, там много душ, все их можно сожрать и переработать в Аргент Энергию. Более того на Земле уже есть корпорация ЮАК, у которой уже был богатый опыт вызывать демонов, надо только следующее нашествие сделать более основательным, потому что земляне в целом с темой знакомы.

Поэтому теперь Кан Мейкр через жрецов приводит к власти в корпорации ЮАК девушку по имени Оливия Пирс, которая искренне желает прихода демонов, так же вокруг корпорации вырастает демонопоклоннический культ. Ну и в 2096 году Юак поднимает все свои марсианские лаборатории.

Все вроде идет по плану, но в корпорации оказывается доктор по имени Сэмюэль Хейден (он же тот самый Серафим, действующий под прикрытием в рядах демонов-культистов). Он убежден, что лучший способ демонам подгадить это Дум Слеера пробудить.

Наступает 2148 год. У культистов все готово, у корпорации все готово, у демонов все готово, у ангелов все готово. Начинается нашествие. Человеческие армии почти сразу уничтожены, но тут прибегает Хейден-Серафим, он объединяет вокруг себя сопротивление АРК (Вооруженную Ответную Коалицию), вкачивает в армию Аргент и дает отпор. Более того в 2151 он даже ведет контратаку на Марс, пытаясь закрыть порталы. Но контратака срывается, силы людей разбиты, чтобы не помереть, Хейден вынужден записать свое сознание в робота.
Но он успевает пробудить Дум Слеера.

Тот приходит в себя, зачищает Марс, убивает Оливию и продолжает наступление на всех подряд.

Так же Doom VFR - почти бессюжетное дополнение к игре 2016 года, где мы бегаем условным морпехом по марсианской станции и там пускаем разные девайсы и отстреливаем демонов.

Doom Eternal
Проходит двенадцать лет (2163). Что именно за это время произошло не ясно, но война с демонами все еще идет, Дум Слеер уселся в древний боевой линкор Сентинелов и подлетает к Земле с довольно очевидными целями.

На Земле все очень плохо и даже хуже чем раньше, трое жрецов (тех самых Дегов), вот-вот проведут финальный ритуал и переработают все население в бургеры с Аргентом, силы Хейдена почти разбиты, он сам вообще раздолбан.

Мы последовательно забиваем жрецов, подключаем Хейдена к компьютеру космолинкора, чтобы не скучал (в этом компьютере еще сидит оцифрованный кусок сознания Бога, но это не важно). Потом летим в гости к ангелам, где они решили заменить жрецов демоническим титаном, которым они управляют майндконтроллом. Мы титана отпускаем, он разносит нахрен весь рай, мы еще забиваем там Кан Мейкр а потом и титана.

Doom Eternal: The Ancient Gods
Но чтобы окончательно все это безобразие прекратить - мы так же выкапывает сферы душ и Бога и Дьявола. Божественную раздалбываем - что какбы отрезает его сознание от физического мира. Дьявола пробуждаем и тут же валим, что не только дезинтегрирует его самого, но убивает и всех демонов вне ада. Между делом еще и Хейдена-Серафима тоже гасим.
Сами сваливаемся в криосон.

Так же Mighty Doom - бессюжетная.