Напомню сюжет предыдущих серий.
В первом крузисе люди обнаруживают у себя на планете корабли пришельцев, которые стопицот лет валялись и ждали своего часа (судя по всему, повредившись при посадке на Землю давным давно). Несколько прифигев, люди разносят эти корабли к чёртовой матери. Аднака проснувшиеся пришельцы перед смертью успевают послать сигнал о помощи в свою родную голактегу.

Далее три года инопланетяне летят к Земле мстить, а в это время корпорация Хардрив Раш исследует обгорелые останки пришельцев и в результате этих исследований изобретает всякие новые технологии. В частности - способ извести инопланетян (для этого особые хмыри в так называемых "нанокостюмах" должны купаться в инопланетных нечистотах, да, выглядит это так же глупо как и звучит).
Ну и когда пришельцы прилетают - их в считанные дни всех выносят.

Далее третья часть.
Прошло двадцать с небольшим лет (т.е. на начало игры идёт 29 ноября 2047 года). Директором Хардрив Раш становится Карл Раш (прошлый директор был прибит во втором крузисе). Сама компания в упадке, её быстро обгоняет конкурент: ЦЕЛЛ, тоже использующий инопланетные технологии для заработка.
Рашу очень не нравится, что мир захватывает не он, а конкуренты - поэтому хочет найти одного из двоих оставшихся владельцев нанокостюмов (Пророка) и попросить его забороть ЦЕЛЛ.

Пророк, между тем, давно захвачен ЦЕЛЛовцами, и, более того, он знает, что где-то на Земле затихарилась матка инопланетян, и вот крайне желательно эту матку пристукнуть, а то хрен её знает.

Люди Хардрива (в первую очередь - Псих, который тоже был владельцем нанокостюма в первом Крузисе, но теперь бегает в обычном камуфляже) вытаскивают Пророка (который теперь единственный владелец нанокостюма в мире) у ЦЕЛЛовцев.

Немного истории: Инопланетяне называются "цефами". Они давно захватили огромную часть космоса и продолжают захватывать всё больше и больше планет. Когда очередная планета захвачена, цефы автоматически строят несколько кораблей колонистов и шлют их в разные части космоса в случайном порядке. В первом крузисе произошло столкновение именно с одним из таких кораблей.

Энивейс, Псих с Пророком забегают в огромный крытый анклав, вмещающий в себя весь Нью Йорк и питающийся от инопланетного генератора. Этот анклав выстроен ЦЕЛЛ и Псих хочет вырубить генератор.
Да, кстати, после потери нанокостюма Псих несколько сошёл с ума, так что действительно частично стал психом, а у Пророка идут видения будущего, так что нувыпонели.

Кстати, в третьей части возвращаются профессорские дочки (правда в этой части дочка страшная). Хардрив Раш это теперь повстанцы против мирового господства ЦЕЛЛ и их отрядами управляет дочка Раша - Клэр.

Отключаем центральный генератор. По идее после этого у ЦЕЛЛ отрубаются все анклавы по всей планете.
Но это не так важно - возникает матка пришельцев и нужно её валить.

Кстати встречайте внезапный поворот месяца на который всем плевать: Это Клэр выдрала Психа из нанокостюма.

Тем временем матка бурит дырень в земле, попутно пробуждая новых пришельцев по всей планете (походу в первых двух частях перебили далеко не всех). ЦЕЛЛ вся эта инопланетная активность не нравится, они хотят снести анклав с маткой ядерным ударом. Ваще говоря, этот вот ВНЕЗАПНЫЙ ПОВОРОТ с ядерным ударом они используют уже третий раз подряд, по разу в каждой части крузиса. Не надоело, ребят?

Вопщем ядерный взрыв останавливают.
Тут, второй внезапный поворот месяца на который всем плевать: Мозг Раша захвачен маткой пришельцев. Он специально всё это время развивал сопротивление ЦЕЛЛу, чтобы снести их генератор и таким образом разбудить матку.
Ок.

Матка открывает портал между миром пришельцев и Землёй. Раш дохнет, Клэр тоже дохнет.

Валим матку. Закрываем портал.
Пророк окончательно сращивается с нанокостюмом и впитывает его своей кожей, после чего уходит жить в хижине на отдалённом тропическом острове.
После титров показывают как Псих разбирается с оставшимися членами совета директоров ЦЕЛЛ.

Конец.