Подведу промежуточные итоги, а то я лично уже немного путаюсь:
Жила-была раса существ называющихся "Цетра". Цетровцы путешествовали от планеты к планете в поисках идеальной.
На каждой планете часть цетровцев отделялась от остальных, отказываясь от дальнейших поисков, и оставалась жить (далее я их буду назвать "люди").

На очередной планете цетровцы что-то напортачили и, в попытке остановить катастрофу - все вымерли. Но остались их более трусливые собратья (люди), которые ранее отделились и просто жили на планете.
Прошло 2000 лет, и оставшиеся на планете люди (точнее представители крупнейшей местной корпорации - Шинры) решили сами возобновить поиски идеального мира. Для этого они нашли гены одной из цетра (по имени Дженова) и принялись вовсю прокачивать этими генами людей. В результате получая сверхчеловеков, и в частности, получив Сепфирота.

Сепфирот, считая себя настоящим арийцем цетрой, проникся презрением к людям и решил собрать всех прокачанных генами Дженовы и продолжить поиск нового мира. Причём, для этой цели он решил устроить апокалипсис, планируя, что планета начнёт залечивать саму себя втягивая души людей, и сам Сепфирот решил "втянуться" внутрь души планеты и таким образом стать един с ней, и заполучить все силы природы.

Такие дела.
Ну а патя героев хочет ему помешать, отобрав особую "чёрную материю", которая - хрень типо ядерной бомбы.

Лады. Едем дальше.

Ситуация осложняется тем, что у главного героя, Клауда - периодически глючит, и, в частности, периодически контроль над ним берёт сам Сепфирот. Почему так - никто не знает.
Энивейс.

Рассказывают часть подноготной: Изначально, две тысячи лет назад на планету свалилась огромная хрень, сделав в ней кратер. И цетра прилетели, "услышав как планета зовёт на помощь" (что бы это не значило) и попытались помочь ей вылечиться. Однако из кратера что-то вылезло и цетровцам настал пизец.
Куда эта ацкая хрень убралась после - неизвестно.

Далее срывы покровов: Когда люди искали гены цетровцев, чтобы продолжит поиски идеального мира - они выкопали Дженову. А Дженова - это, вообще говоря, не одна из цетр. Это та хрень, которая их поубивала. В результате, сами того не зная, люди эту хрень оживили.

Во всём этом есть хорошая сторона - две тыщи лет назад планета создала особое Оружие (его в игре всегда пишут с большой буквы) которое по идее должно было прибить Дженову, но цетра, перед смертью, сами прибили его, и Оружие осталось не задействованным и провалялось где-то двадцать веков. Намёк, как вы понимаете, на то, чтобы откопать эту хрень и шибануть ей Сепфирота.

Собсно тот самый кратер:

Здесь Сепфирот собирается вызывать апокалипсис (учитывая что в этом месте планета уже подранена и её проще будет добить здесь). Сюда же подлетает корабль Шинры, хотя и не до конца понятно, что они собираются делать.

В кратере начинается какая-то шиза (что вполне обычное состояние для сюжетов финалфентези) - патя вдруг оказывается внутри иллюзии, изображающей город Нибелхейм и просматривает флешбеки пятилетней давности, когда Сепфирот и Клауд пришли в город. Правда в этих флешбеках почему-то нет Клауда - вместо него какой-то белобрысый пацан с большим мечом.

Сепфирот (который появляется то тут то там) говорит, что Клауд был экспериментально сконструирован в лабораториях Шинры сразу после уничтожения Нибелхейма. И все его воспоминания - фальшивые. Так же он говорит, что Клауд - это клон Сепфирота (то есть, когда Сепфирот ушёл от Шинры, они попытались сделать его копию).

У Клауда несколько заходят шарики за ролики от всего услышанного. Он целиком переходит под управление Сепфирота и помогает тому запустить апокалипсис.
Патя срочно эвакуируется вместе с силами Шинры.

От взрыва пробуждается Оружие, которое тоже сидело в кратере последние двадцать веков.

Далее действие показывают глазами Тифы, которая очухивается через семь дней в военном городке Шинры - Джуноне.
С Тифой отдельный шизофренический замут, потому что по идее кто-кто а она-то должна была знать, существовал ли Клауд до уничтожения Нибелхейма. Ну, то-есть по идее Клауд был её другом с детства. И, вроде как, Тифа что-то знала, но что именно - так и не объясняют, как-то мутно оправдываясь про какие-то остатки её воспоминаний которые каким-то образом использовались при создании Клауда. Вощем я ничо ни понял из этого.
Едем дальше.

Ситуация за семь дней изменилась не сильно.
Сепфирот (и, видимо, Клауд) всё ещё в кратере, к которому не подойти. Вызов апокалипсиса, знаете ли, дело не быстрое.
По миру бродит Оружие, разрушая всё на своём пути и, вероятно, не до конца вдупляющее, что происходит.

К планете понемногу приближается накастованный Сепфиротом метеор, который собсно и должен стать апокалипсисом. Ну, когда долетит.

Кстати, патю собираются казнить в прямом эфире, как виновников всего случившегося.


Правда не успевают - на город наступает Оружие. Воспользовавшись паникой, патя бежит.
А Оружие получает пистон в жопу в морду.

Побег

Полетав по миру на новом кораблей, катя находит Клауда. Паренька выкинуло на берег рядом с одной деревенькой. Он в коматозном состоянии, ничего не понимает, говорить не может.
Тифа остаётся в клинике присматривать за ним.

Тем временем Шинра собирает энергию, чтобы пальнуть ей по метеору и сбить того на подлёте к планете.
Пате (главой команды становится Сид, так что управляем им) почему-то не нравится эта идея (да и всё равно больше им делать нечего) так что они собирают энергию сами.

Планета создаёт новое Оружие - достаточно никчёмного огромного птенца чокобо, который скорее всего даже вырасти не успеет к тому моменту как метеор всё разнесёт.

В деревне, где Тифа следит за коматозным Клаудом - землятресение. Оба героя проваливаются под землю, где вместо лавы - поток энергии.

Это, конечно, чисто повод немного покормить игрока шизой.


В таком состоянии Клауд с Тифой сопоставляют свои воспоминания, чтобы таки понять, что на самом деле было, а какие воспоминания фальшивые.
К примеру, вспоминают имя белобрысого пацана, который приходил в Нибелхейм вместе с Сепфиротом - Зак


Именно Зак был товарищем Сепфирота, и именно он ходил с огромным мечом. А Клауд был обычным незаметным солдатом. Настолько незаметным, что никто (и в том числе - Тифа) даже и не помнил, что Клауд вообще возвращался в Нибелхейм. После драки с Сепфиротом - Зак погиб, и Клауд взял у него меч.
При сопоставлении воспоминаний оказывается, что таки Клауд не был клоном Сепфирота - хотя они с Тифой и не были друзьями с детства, но они мельком знали друг друга, и после того как Клауд пошёл в солдаты, чтобы произвести на неё впечатление - Тифа много о нём думала, и со временем пришла к мысли будто бы они были друзьями.
Клауд так и не стал элитным солдатом, как мечтал, и был серьёзно расстроен этим фактом.

Это всё не объясняет, почему управление над ним постоянно брал Сепфирот, ну да ладно.
Определившись с воспоминаниями, Клауд приходит в себя. Они с Тифой вылавливаются на берегу и возвращаются в патю.

Далее запускают ракету в метеор (патя ненадолго вылетает в космос, но вовремя десантируется назад на планету в капсуле).

План не срабатывает. Метеор плевать хотел на эти ваши ракеты.

Новый план - найти особу артефактную "святую материю", которая может помочь против метеора. Почему бы и нет.
Оказывается, махинации Аэрис в непонятном озерце, которые она выполняла, когда её прибил Сепфирот - как раз преследовали цель найти эту "святую материю". И вроде как благодаря этому, теперь её найти не сложно.

Энивейс, Шинра перетаскивают Большую Пушку из Джунона в Мидгар и теперь собираются стрелять из неё по кратеру с Сепфиротом... ну, или по метеору. Или по тому и тому.

Стрелять в результате приходится ни по тому ни по другому, а по Оружию (которое всё никак не сдохнет), правда надо отдать должное Шинре - они умудряются выбрать правильное время и одним выстрелом сразу и снести Оружие и снять защиту с сепфиротовского кратера.
Правда ответным огнём цепляет президента Шинры, Руфуса.

Оставшиеся руководители Шинры дерутся за власть в компании. Под шумок управление реакторами перехватывает профессор Ходжо. Он принимается поливать Сепфирота энергией, потому что хочет посмотреть, как тот доберётся до "рая" (в конце концов именно для этого Ходжо создал Сепфирота и остальных клонов). Патя его прибивает.

Далее - летят бить Сепфирота.


Полный вперёд

Попутно флешбеки - после боя с Сепфиротом в Нибелхейме - Зак с Клаудом были оживлены учёными (то есть не созданы, а только оживлены), пять лет проплавали в ваннах с мутагеном и сбежали.

Они решают стать наёмниками, но скоро их догоняют солдаты Шинры. Зака убивают, окончательно, а на Клауда всем наплевать, его оставляют валяться, так что он при ползает в Мидгар, там находит Тифу и далее присоединяется к команде террористов и т.д. далее игра начинается.

Энивейс, Сепфирота прибивают, а с кометой планета расправляется самостоятельно.
Хэппиэнд.

После титров бонусная сцена. Прошло пять сотен лет. У Реда есть дети - то есть он не последний представитель своей расы.
Мидгар - разрушен и зарос травой (жители укрылись в подполье, так что не пострадали)