По сюжету - Периметр это приквел Вангеров. Так что напомню предысторию тем из вас (точнее - никому из вас) кто её когда-то знал и забыл.

В конце двадцатого века крутая космическая раса, называющаяся Инферналами (по другой версии - другая космическая раса, называющаяся Наблюдателем. но по факту не важно Инферналы это были или Наблюдатель)... так вот одна из этих рас телепатически связалась с землянами (используя особо одарённых в телепатии людей - спиритов) и рассказала им, как открывать тоннели/порталы в другие миры.
Спириты тут же принялись бурить тоннели из мира в мир, так что образовалась так называемся "цепь миров", соединённых тоннелями (хотя по факту она скорее похожа на сеть и называется "спанжем"). В конце концов эта цепь приведёт людей в мир зергов (они называются "криспо") и эти криспо всех пожрут. (И совсем потом окажется, что всё это было хитрым планом инферналов/наблюдателя и они специально привели людей к зергам).
Однако, к моменту начала сюжета Периметра - пока ещё всё в порядке и люди вовсю страдают навязчивой колонизацией.

Идёт 244 год с начала колонизации цепи миров (она кстати называется "исходом").
Мы управляем легатом, напрямую подчинённым спиритам. Наша задача - вести летающий город (фрейм) который называется "Кластер" через миры от портала к порталу.

Город летает между вышками (ядрами), примерно как вагончики навесной дороги между столбами, только вместо тросса - в игре используется неясная сила, переносящая фрейм от ядра к ядру. Чтобы перенести фрейм к порталу - нужно построить к нему цепочку ядер.

Так же во фрейме есть ещё два элемента. Во-первых периметр - не пускающий в город монстров (скверну), обитающих в цепи миров.
Во-вторых, спираль - которая позволяет фрейму перемещаться по порталам. Обычно после прыжка спираль разряжена и нужно ждать, пока она зарядится, прежде чем скакать дальше.

За сотни лет - спириты подвели колонизацию под идеологическую основу. Они скрыли, что получили знания от инопланетян и придумали пророчество про Человека, который должен появиться и провести человечество к светлому будущему. По легенде, когда-то путь через спанж начали с трёх первых миров (корневых миров) три первых фрейма - "Зодиак", "Пионер" и "Странник". За ними последовали ещё три фрейма второй волны - "Роутер", "Банч" и "Экзистор".
Фреймами последней третьей волны были - "Арк-9", "Орган" и "Кластер" (собственно, последним мы и управляем). За два с половиной века цепь стала насчитывать сотни миров. Цель кластеров - открывая тоннели в новые миры, дотянуть цепь придти к миру-раю, где не будет скверны, а будет щастье для всех и каждого.
Это всё, конечно, предсказано.
Такие дела.

Так вот, а "Пионер" в последние годы где-то пропал на границе цепи, так что наш Кластер направляется его искать, а так же мы надеемся вытащить с его останков всяких полезных изобретений.
Пионер не находим, однако добываем изобретённые им энерговышки, а значит - всё путём.

Тем временем идут годы и десятилетия. К примеру к четвёртой миссии игры год уже 276, то есть в среднем десять лет на миссию. Годы идут, сеть расширяется, ещё один фрейм пропадает (Орган, остаётся семь), оставшиеся фреймы ставят новые порталы, сеть ширится.

Тем временем, к началу четвёртого столетия, фрейм Зодиак принимается бунтовать. Они казнят у себя всех спиритов и назначают новое командование - Завет Сынов Возврата. Эти возвращенцы утверждают, что никакого райского мира не существует, и нужно вернуться назад в корневые миры.

Во время игры мы управляем то одним фреймом то другим. На какое-то время - управляем Зодиаком, который как раз в момент бунта оказался в одном мире с Роутером, и теперь хочет узнать, друзья на Роутере или враги.

Год 319. Пропадает фрейм Банч. Городов остаётся всего шесть (минус Зодиак возвращается домой, минус Роутер не подаёт признаков жизни). Управляя Кластером, пытаемся остановить Зодиак (спириты считают что корневые миры поглотил хаос и возвращаться туда - равносильно самоубийству). Атаковать другой фрейм спириты пока не решаются. Они уничтожают портал на пути Зодиака.

326. К Возврату присоединяется Странник.

358. В Роутере приходит к власти Император, устраивая свой собственный завет (Зовет Императора). Товарисч провозглашает себя властелином спанжа и требует всех причастных подчиниться или сдохнуть. Новоявленная империя тут же захватывает фрейм Экзистор.
(у спиритов остаётся только два фрейма - Арк-9 и Кластер, Экзистор и Роутер - у Империи, Странник и Зодиак - возвращаются в корневые миры, Орган, Пионер и Банч - пропали)

Империя пытается захватить так же и Кластер, но тот уходит, подделав голос императора и обманув врагов.

409. Имперцы выкапывают в памяти пленных спиритов то, что за тремя корневыми мирами находится ещё один мир - Земля. Походу за четыре века люди успели совершенно забыть, откуда они, вообще говоря, явились.

Тем временем к игроку (как раз управляющему имперским фреймом Экзистором) обращается некий Номад. Он прощается с игроком (тот как раз провалил миссию и с минуты на минуту империя собирается его уничтожить, заменив другим легатом) и рассказывает, что он, Номад, путешествует внутри электронных сообщений и сейчас направляется смотреть за фреймами возврата (Странником и Зодиаком).
Ну ок... oh wai--

Судя по всему игрок это и есть Номад (похоже это какой-то электронный разум). Именно поэтому он играет то за один фрейм, то за другой.
Зодиак почти добирается до Земли, однако оказывается неспособен открыть последний портал, к тому же частично заражаясь скверной. Он кидается искать спиритов, чтобы сделать новую попытку открытия прохода.

Постепенно каждая фракция вырабатывает свои фичи. Имперцы учатся ставить наместников в колонизированных мирах, сохраняя порядок в отсутствие фреймов, возвращенцы - учатся управлять скверной, используя то, что они частично заражены.

477. Империя теряет "Экзистор" в битве с фреймом исхода - Арком-9.
Номад рассказывает, что его создали ещё на Земле, когда там создавались первые фреймы. Авторы специально создали его как вместилище знаний накопленных человечеством и передающихся от фрейма к фрейму. Цель Номада - узнать, чего именно добиваются спириты (видимо в Периметре собираются второй раз открыть тот же самый внезапный поворот, который был в Вангерах, что дескать спириты работают на инопланетную расу и ведут людей к уничтожению).

483. Возвращенцы теряют "Странник" в битве с имперцами. И у тех и у других остаётся по одному фрейму. А всего из изначальных десяти - продолжает летать четыре города.

510. Кластер дотягивает цель до мира Монолит. Спириты с него объявляют что цель - мир-рай - достигнута и зовут всех присоединяться. Остальные утверждают, что за монолитом - мир самих спиритов (типо как они инопланетяне, ну чо, возможно) и они заманили туда людей ради своих (отвратительных) целей.

512. Возвращенцы захватывают Арк-9, вытаскивают с него спиритов и пытают их. Спириты им нужны чтобы открыть финальный портал назад к Земле. Оставшийся без управления Арк-9 скрывается в неизвестности. В цепи остаётся три фрейма - Зодиак у возвращенцев (возвратников), Роутер у империи и Кластер у спиритов/исхода.

530. Спиритам удаётся вернуть себе Арк-9, правда тот в достаточно плачевном состоянии.

548. Имперцы пытаются уничтожить портал на Монолите, ведущий к миру-раю спиритов - Дыре (какое крутое название для мира-рая), однако спириты расфигачивают последний имперский фрейм. Спириты заявляют, что Зодиак, заражённый и вовсю летящий к Земле - скоро доставит туда скверну, так что Земля будет подготовлена к нашествию армии спиритов. Более того, они (спириты) знают о существовании Номада и пользовались им.

Далее Периметр по традиции, как и Вангеры, бьётся о четвёртую стену - спириты утверждают, что они знают про игрока, сидящего за монитором, и это они выдавали ему приказы и с его помощью добились всех своих целей - уничтожения империи, прорыва к миру спиритов и отправке на Землю заражённого фрейма.
Далее Номада (игрока) отключают от управления.

В финальном ролике - последний фрейм империи взрывается, Зодиак возвращается на землю и с него вылетают армии монстров (правда Земля почему-то показана доисторическая, я без понятия почему). Рядом с ним на землю высаживается Арк-9, а Кластер скрывается в дыре.
Хорошей концовки в игре нет. А чо вы хотели, рашен геймдев, у нас только плохие концовки.