Дочитал. Там всего девятитомник, что для манги на самом деле не много, то есть это далеко не книжные тома.

И так вот там значительно более умная концовка, чем ожидаешь от такого типа сюжета
СПОЙЛЕР

Ну то есть ждешь что там героические ученые победят инквизицию, воткнут в труп инквизитора флаг с надписью E=MC2, или ну в крайнем случае убегут от инквизиции в страну где их любят и на руках носят.

Но нет. Там вообще действие комикса растянуто на полвека, и за эти полвека распространяются печатные станки, и в какой-то момент церковная верхушка понимает, что гнобить еретиков уже не настолько весело и выгодно, как казалось раньше. И там местный патриарх вызывает главного инквизитора и говорит, слушай друг, ты там ребят своих осади у нас здесь новая разнарядка пришла, мы решили последователей коперника не гонять больше.

Инквизитор говорит как это не гонять, вон же в библии написано, что они не правы.
Патриарх - а ты библию то внимательно читал вообще? Я, как бы это странно не показалось, да. И дальше начинает задвигать в стиле Александра Меня - ты ж по поводу вот той то и той то строчки священного писания? Так это метафоры, ты что не понимаешь. Не нужно так буквально все воспринимать.
Инквизитор - так вы ж мою родную дочь запытали и сожгли за эти метафоры
Патриарх - ну вот видишь как все хорошо получилось, думали она в аду, а оказалось теперь что в раю.

Это очень поучительно вообще, ящитаю, когда ты на пути святости, на дороге к новому прекрасному миру людей гнобишь - оно вон как повернуться может. Кто ж знал то.

Вопрос - а чем в это время занимаются там ученые астрономы?
Они вообще не в курсах, как инквизитора свои же родные бюрократические мудозвоны пожирают. Они заняты тем же, чем и обычно - смотрят на звезды, делают записи. Кто власти попался - того сожгли. Кто не попался - тот сам эту власть сжег в ходе таксказать исторического процесса.

Отсюда на самом деле мораль, что война науки с властью (не важно, религиозной или нет). Я бы даже расширил метафору - война истины с желанием масс - это война, где обе стороны воюют с ветряными мельницами. И обе выиграют. И обе проиграют.
Ну то есть это силы, совершенно в параллельных измерениях существующие, и там где-то их физические отростки друг с другом пересекаются и могут что-то нехорошее друг с другом сделать (как впрочем и сами с собой). Но в целом эти понятия нематериальны и взаимодействуют сильно вне воли отдельных людей, не важно как эти люди высоко в иерархии.